从2012年11月开始，我县开始实施新农合的结算按床日和按病种相结合的混合支付方式改革。医疗机构覆盖率达到100%，住院病例覆盖率达到100%。
为贯彻落实党中央、国务院关于深化医药卫生体制改革精神，我县根据卫生部、国家发改委、财政部《关于推进新型农村合作医疗支付方式改革工作的指导意见》、《中共江苏省委、省政府关于深化医药卫生体制改革的实施意见》、省卫生厅《江苏省新型农村合作医疗支付方式改革试点方案》等文件精神，结合我县实际情况，以科学发展观为指导，按照“保基本、强基层、建机制、群众充分得实惠”的总体要求，我县及时出台了《金湖县新型农村合作医疗混合支付方式改革方案》、《金湖县新型农村合作医疗按日付费管理暂行办法》和《金湖县新型农村合作医疗按病种补偿实施细则》。
相关文件规定，按病种付费就是将阑尾炎、胆结石等30个病种纳入限价管理。按日付费就是在严格、科学测算的基础上，制定各类级别和各时间段付费标准，参合者按病情和住院时间进行分类分段付费，实行现场实时结报。
实施新型农村合作医疗混合支付方式改革，将进一步加大新农合的控费责任，巩固完善我县新农合制度，增进新农合基金使用效率，抑制医药费用不合理增长，提高参合人员受益面和保障水平，合理利用卫生资源，规范医疗机构服务行为，促进我县新农合制度健康发展，让新农合政策最大限度地惠及广大人民群众。
